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目前已知引起腹瀉的病原體有數(shù)十種之多,，但國內(nèi)報(bào)告以細(xì)菌性和病毒性腹瀉占多數(shù)。雖然不同自然環(huán)境和生產(chǎn),、生活方式不同的地區(qū),，引起腹瀉病的主要病原體有所不同，但總體上居首位的是志賀氏菌及輪狀病毒,，第二位是腸致瀉性大腸桿菌,，第三位是空腸彎曲菌及沙門氏菌，第四位及第五位是非O1/非O139群霍亂弧菌,，其他致瀉性弧菌和小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌,。

病毒性腹瀉在感染性腹瀉中占有重要的比例，其病原體包括輪狀病毒,、腺病毒,、星狀病毒、小圓病毒,、杯狀病毒等,，目前在國內(nèi)病毒性腹瀉中檢出的主要病原體是輪狀病毒。

腸致瀉性大腸桿菌目前已發(fā)現(xiàn)5種,，即1腸致病性大腸桿菌（EPEC）,，引起嬰幼兒水樣或蛋花湯樣便；2 腸產(chǎn)毒性大腸桿菌（ETEC）引起病人霍亂樣水樣便,；3 腸侵襲性大腸桿菌（EIEC）,，病人發(fā)生細(xì)菌性痢疾樣便,；4 腸出血性大腸桿菌，病人早期為水樣便,，后為血便,；5 腸集聚性粘附大腸桿菌（EAEC），該菌與小兒頑固性腹瀉有關(guān),。

沙門氏菌某些菌型可致人的急性腹瀉和食物中毒暴發(fā),。全球已發(fā)現(xiàn)2000多個(gè)菌型，我國至少已檢出255個(gè)型或變異型,，其中已知能引起人類致病的有57個(gè)型,，主要在A～F群內(nèi)，所以在沙門氏菌血清學(xué)鑒定時(shí),，可先用A～F多價(jià)O血清檢查,。鼠傷寒沙門氏菌感染遍及全國各地，該菌在醫(yī)院兒科,、產(chǎn)科嬰兒室的交叉感染屢有報(bào)告,。

致瀉性弧菌為重要的病原細(xì)菌，在弧菌屬中,，把與O1群霍亂弧菌具有共同鞭毛抗原,，生化性狀類似，僅菌體抗原不同的弧菌統(tǒng)稱為霍亂弧菌,，根據(jù)菌體抗原不同,，目前已編排到200個(gè)以上血清群，除O1/O139群為霍亂的病原體外,，其余統(tǒng)稱為非O1/非O139霍亂弧菌,，有些能引起散發(fā)性腹瀉或食物型暴發(fā)。除霍亂弧菌外,，發(fā)現(xiàn)有多種致病性弧菌,，其中擬態(tài)弧菌、河弧菌,、弗尼斯弧菌,、副溶血弧菌、霍利斯弧菌和少女魚弧菌等可引起腸道感染,。

近十多年來的研究證明,，由空腸、結(jié)腸彎曲菌引起的腸炎分布較廣,，可引起人的,，也可引起一些家畜或家禽的腹瀉，其主要癥狀有發(fā)熱,、腹瀉和腹痛,，少數(shù)有嘔吐,，與細(xì)菌性痢疾相似，但病情較輕,，本病的癥狀和糞便性狀缺乏特征性,，故確診只能依靠病原體的分離培養(yǎng)和鑒定。

小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌病是近些年來國際上受到重視的一種新腸道傳染病,，在各大洲均有發(fā)現(xiàn),，我國已從人群、動(dòng)物及外環(huán)境分離出小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌,，證明本病在我國廣泛分布，該菌主要引起急性腸炎或急性胃腸炎,。

賈第蟲病是由藍(lán)氏賈第鞭毛蟲所致,，以兒童多見，多在夏秋季發(fā)病,，該蟲寄生于腸道,，可引起腹瀉、腹痛,、吸收不良和粘液性大便,。隱孢子蟲能引起隱孢子蟲病，該病是人獸共患疾病,，呈世界性分布,。